Im Küstenbereich, der den Landkreisen des Zweckverbandes und der Stadt Wilhelmshaven vorgelagert ist, finden sich drei Muschelerzeugungsgebiete, von denen zwei zur Konsummuschelgewinnung genutzt werden. Die Sicherheit der Muscheln als Lebensmittel wird seit Jahrzehnten von den Lebensmittelüberwachungsbehörden in Niedersachsen intensiv überwacht. Unter anderem werden von den Lebensmittelkontrolleuren des Zweckverbandes und auch von den Muschelfischern selber unter amtlicher Aufsicht jährlich zahlreiche Proben entnommen und an das zuständige Untersuchungsinstitut des Niedersächsischen Landesamtes für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit in Cuxhaven zur Untersuchung eingeschickt. Sofern Abweichungen festgestellt werden, werden vom Zweckverband die erforderlichen Maßnahmen zum Schutz der Verbraucher überwacht.

Das Überwachungskonzept umfasst folgende Bereiche:

• Untersuchung auf Bakterien: Die Muscheln werden sowohl auf krankmachende Keime als auch auf Bakterien untersucht, die den aktuellen Hygienestatus anzeigen sollen. Als Probenahmestellen werden Lokalisationen ausgesucht, an denen das Risiko einer Kontamination am größten erscheint. Diese Stellen wurden von den Mitarbeitern des Zweckverbandes aufgrund eines sogenannten „Sanitary Survey“ bestimmt. Bei dieser ausführlichen Studie wurden mögliche Kontaminationsquellen berücksichtigt, die zu einer Keimbelastung des Meerwassers und folglich auch der Muschel führen können.Informationen zur Durchführung des Sanitary Survey finden Sie im Fachbericht zum gesundheitlichen Verbraucherschutz 2009, Kapitel 2, S. 5-6.
• Untersuchung auf toxische Algen und Algentoxine: In Abhängigkeit von der Jahreszeit und der Wassertemperatur können im Meerwasser Algen enthalten sein, die Toxine produzieren. Da Muscheln ihre Nahrung aus dem Meerwasser filtrieren ist es möglich, dass sich Toxine in der Muschel anreichern. Diese Toxine werden beim Kochen nicht vollständig zerstört und können zu unterschiedlichen Erkrankungen beim Verbraucher führen. Um dies zu verhindern werden die Muscheln während der Ernte in kurzen Zeitabständen – im Sommer zum Beispiel wöchentlich – auf Toxine untersucht. Sofern Toxine festgestellt und vorgeschriebene Grenzwerte überschritten werden, wird die Muschelernte sofort eingestellt.
• Untersuchung auf Schadstoffe
• Untersuchung auf Radioaktivität.
  

Da es in Niedersachsen keine Verarbeitungsbetriebe für Muscheln gibt, werden Miesmuscheln überwiegend über die niederländische Muschelauktion in Yerseke vermarktet.